Пользуйтесь пространствами имён при создании новых страниц - необходимо для древовидной структуризации информации Вики.
К примеру, если вы хотите создать страницу под названием «Страница Ы», которая относится к тематике «Категория Ы», то надо указать Вики-ссылку так: [[.Category Y:Page Y|Страница Ы]]. Тогда она будет иметь вид category_y:page_y в адресной строке, или /category_y/page_y - в файловой структуре.